1、在定义上的区别

旗舰店是商家以企业自有品牌入驻淘宝商城，所开设的店铺称为该品牌的官方旗舰店；而专卖店是企业持正规品牌授权书，在淘宝商城开设该品牌的店铺，称为品牌专卖店。

2、在经营主体上的区别

旗舰店要自有品牌企业，品牌须为申请开店的企业所有或企业法定代表人所有；而专卖店是取得该品牌所有者或公司正式授权的企业法人。

3、在经营范围上的区别

旗舰店是经营同一品牌、同一个一级类目下的所有产品；而专卖店是经营授权品牌下同一级类目内的所有产品。