经济特区与特别行政区的最大区别是社会制度不同。

具体的区别

经济特区在大陆范围内，实行社会主义制度；特别行政区实行不同于祖国内地的政治和经济制度。

在统一的中华人民共和国境内，大陆主体部分坚持实行社会主义制度，坚持四项基本原则；在这一前提下，为解决香港、澳门、台湾历史遗留下来的问题，根据宪法的规定建立特别行政区，在一个相当的时期内，保持原有的资本主义社会经济制度和生活方式，不实行社会主义的制度和政策。